Centrum powstało w grudniu 2007 roku. Od samego początku miało to być miejsce, gdzie funkcjonariusze różnych służb będą wspólnie pracowac i wymieniać się doświadczeniami. Głównym celem wspólnych działań jest zapewnienie właściwego i szybkiego przepływu informacji między wszystkimi służbami działającymi na obszarze przygranicznym.
W ciągu minionych 3 lat pracownicy Centrum udzielili odpowiedzi na około 48 000 zapytań. Nierzadko zdarza się, że PNCW wspomaga działaniami służby innych państw Unii Europejskiej.
Od momentu powstania tej instytucji prowadzone czynności koordynowała ze strony polskiej Straż Graniczna. Podpisane w kwietniu 2010 roku porozumienie między Komendantem Nadodrzańskiego Oddziału Straży Granicznej, Komendantem Wojewódzkim Policji w Gorzowie oraz Dyrektorem Izby Celnej w Rzepinie wprowadziło system rocznych zmian koordynatora - co roku tą funkcję pełni inna z trzech służb mundurowych. W tym roku koordynację w PNCW przejęła Policja.{multithumb}
Na uroczystości Komendant Nadodrzańskiego Oddziału Straży Granicznej płk SG Jarosław Frączyk wraz z Zastępcą Komendanta Wojewódzkiego Policji insp. Waldemarem Regulskim podpisali protokół przekazania koordynacji, a dotychczasowy koordynator strony polskiej kpt. SG Danuta Łazarczyk przekazała symboliczne "berło koordynacji" podins. Wiesławowi Gom - przedstawicielowi Policji.Na uroczystości obecni byli przedstawiciele Komendy Głównej Straży Granicznej, Komendy Głównej Policji, Komendant NoOSG, Zastępca Komendanta Wojewódzkiego Policji i Dyrektor Izby Celnej w Rzepinie oraz przedstawiciele służb niemieckich.
